První zmínka o Hojné Vodě (hojná ve smyslu hojivá, dříve také Vilémova Hora; německy Heilbrunn) je z roku 1553, kdy Vilém z Rožmberka přivedl 26 usedlíků a dřevařů. Ti založili osadu jménem Vilémova Hora, zřejmě na počest Viléma z Rožmberka. Další zmínka o Hojné Vodě pochází z roku 1564, kdy byl objeven léčivý pramen. K jeho objevu se váže pověst o zraněném dřevorubci, jemuž se na nedalekém buku zjevila sv. Anna, která mu poradila, aby si ránu omýval vodou z pramene. Zakrátko se uzdravil. Událost se roznesla po kraji a lidé k pramenu houfně přicházeli. Proto zde na konci 16. století vzniklo poutní místo s jednolodním kostelem sv. Anny. Po postavení barokního chrámu v nedaleké Dobré Vodě poutě v Hojné Vodě zanikly. Po roce 1945, po vystěhování obyvatelstva, byl kostel zbořen. Zůstala jenom naše věž /původně jednopatrová strážní věž z r.1359/, která sloužila pro potřeby kostela jako zvonice.

Po objevení léčivého pramene bylo založeno lázeňské centrum, které se může pochlubit řadou vzácných návštěv. V dobách největší slávy zde byli k vidění mimo Viléma z Rožmberka také Petr Vok z Rožmberka, španělský generál a velvyslanec Octavian Spinola, hrabě Jan Zrinský, příslušníci rodu Buquoyů a mnozí další.

V r. 1653 byla Hojná Voda povýšena na městečko. V 17. stol. zde stávala sklářská huť. V té době zaniká jméno Vilémova Hora. Označení “Hojná“ vzniklo od slovesa hojiti, neboť voda byla pokládána za léčivou čili hojivou. V letech 1893 – 1910 sem zajížděl na letní pobyty známý spisovatel historických románů a povídek Zikmund Winter (1846 – 1912), který zde napsal značnou část svého proslulého díla „Mistr Kampanus“.